導致唇顎裂的原因較多，並不是都是遺傳。致病因素主要歸納環境因素和遺傳因素兩大類，其中遺傳因素佔25%，環境因素、遺傳因素以及環境與遺傳因素相作用，不明原因的因素大概佔75%。其中環境因素是最值得重視的問題，因為母體的環境與胎兒發育密切相關，而母體環境又受到諸多因素的影響，如生活環境中的物理汙染、化學汙染還有放射汙染，以及母體的健康狀況、生活習慣等，都會對唇顎裂的發生有影響。在受孕時的身體狀態不佳、精神壓力過大、孕婦的情緒不好、不良的生活習慣、營養不良、高齡懷孕等都可能導致唇顎裂發生，所以主要受環境因素和遺傳因素的相互作用而導致。