一般環境因素和遺傳因素是先天畸形發生過程中起到關鍵作用的兩個因素，其中遺傳因素大概只佔25%，環境因素以及環境因素與遺傳因素相互作用，和不明原因的大概佔75%左右。有些唇顎裂患者在其直系或旁系親屬中可以發現類似的顎裂畸形發生。但是遺傳學家認為唇顎裂屬於多基因遺傳性疾病，是常染色體的隱性遺傳，不是每一代都能表現出來畸形。

唇顎裂有非綜合徵性和綜合徵性，非綜合徵性的遺傳概率低，綜合徵性的唇顎裂就遺傳概率高，所以唇顎裂遺傳性不能一概而論。對於非綜合徵性唇顎裂的家族，家庭成員中越多人患有唇顎裂，血緣關係越接近，家庭中再發生唇顎裂的風險就會越高。如果曾經生過一個孩子是唇顎裂，下一個孩子是唇顎裂的概率是4%。如果兩個人都不是唇顎裂，家族也沒有，唇顎裂發生概率有1.82%。但是這個概率對於個體來說沒有太大意義，唇顎裂不是一種和遺傳性極為相關的疾病，只佔25%，更多的因素是環境因素造成。