複發性口腔潰瘍的治療沒有最佳的藥物，只有最適合的藥物。口腔黏膜各個部位出現的圓形或橢圓形的小潰瘍，主要表現為復發口腔潰瘍的病症，又稱為複發性阿弗他潰瘍，具有週期性發作的特點，屬中醫學口乾、口瘍、口瘡的範疇，使用藥物進行治療的同時，也要配合日常的飲食。某些外用藥多作用在複發性口腔潰瘍的局部來改善症狀，如康復新液可以促進癒合，複方硼砂含漱液可以消炎，利多卡因凝膠可以止痛，促進癒合的藥物有生長因子凝膠、冰硼散、潰瘍貼片等。

部分藥物作用在局部，可以同時從全身進行調整，如口咽清丸，有斂瘡生肌、清熱降火、生津止渴的功效，含服於口腔潰瘍的局部，可快速崩解起效，同時形成散劑覆蓋潰瘍的表面。其臣藥馬檳榔、薄荷、山豆根，可以起到清熱去火的功效，可以由內而外起到良好的治療作用，加快治癒的速度。患者還可以服用維生素C、維生素B，也可以服用一些對抗炎有效的藥物，但是要注意一定要遵醫囑服藥。在治療期間患者要保證清淡的飲食，避免重油、重辣導致潰瘍加重，可以多食富含維生素的食物，如胡蘿蔔、芹菜、西蘭花、西瓜等，同時需要加強身體的鍛鍊，提高免疫力。