口腔潰瘍如果並非感染所致，不可使用紅黴素軟膏。紅黴素軟膏屬於抗生素，在不存在細菌感染時不應選用。抗菌藥物對於複發性口腔潰瘍並非針對性用藥，除非潰瘍出現紅、腫、熱、疼以及溢膿等繼發感染症狀，有條件者可進行細菌培養，證明某種細菌感染且紅黴素有效再選用。

臨床通常不主張紅黴素軟膏隨便使用於口腔，主要是因為紅黴素軟膏不屬於口腔應用的劑型，通常在眼部或者皮膚應用。且大部分口腔潰瘍並非細菌感染所致，最常見的是複發性口腔潰瘍，且具有一定自限性，可選用促進潰瘍癒合的藥物治療，比如重組人表皮生長因子凝膠、曲安奈德口腔膏等。