牛黃含使黏膜組織癒合成分，因此牛黃上清丸可以治療口腔潰瘍。但對於難治性口腔潰瘍或刺激性、創傷性口腔潰瘍，單純使用牛黃上清丸無法得到有效治療。因此需要進行綜合治療，口服牛黃上清丸同時，應對口腔潰瘍病因進行分析。

如果由於創傷性因素導致，如口內牙齒有銳尖或鋒利殘冠等，需將殘冠以及鋒利的銳尖調磨，可以用火焰鑽對牙齒進行相應調頜，將銳尖角全部去除，不會再摩擦口腔黏膜，潰瘍即可較好癒合，對於較鋒利的殘根需拔除殘根。如果是精神因素或者其他相關因素造成潰瘍，需調節患者精神並治療相關基礎疾病，才可將口腔潰瘍治癒。