口腔反覆潰瘍真正的病因還不明確，比較公認的病因是有一定的遺傳相關因素，具有家族聚集性。如果口腔潰瘍反覆發作，伴有外生殖器潰瘍的反覆發作，需考慮患有白塞病的可能性。白塞病是比較少見的免疫疾病，屬於變異性血管炎，沒有特殊的抗體，需要在風溼免疫科進行診療。

複發性口腔潰瘍反覆發作有一定的誘因，比如大便乾燥、熬夜、壓力大、飲食不均衡、局部創傷因素等。預防複發性口腔潰瘍需多吃蔬菜、水果，保持大便通暢，儘可能避免局部咬傷、熬夜，能夠較好預防口腔潰瘍的反覆發作。