口腔潰瘍可以選用漱口水漱口，漱口水種類較多，應選用對口腔潰瘍有促進癒合作用的漱口水，比如康復新液、西帕依固齦液等。患者也選用存在消炎作用的漱口水，如洗必泰漱口水。

口腔潰瘍時，主張選用有消炎、止疼、促進潰瘍癒合的藥物和漱口水，特別是對於皰疹樣阿弗他潰瘍，潰瘍發生時數量較多，一般只能應用漱口水治療。但不應選擇日用漱口水，比如去牙石或清新口氣的漱口水，部分漱口水中含有薄荷成分，會刺激口腔黏膜並引起疼痛。同時部分漱口水中含有酒精，應避免在潰瘍發生時使用。而對於含有中草藥且標明治療複發性口腔潰瘍的漱口水，一般推薦使用。