消炎藥在臨床上稱為抗生素，常見的複發性口腔潰瘍並不是由感染引起，所以不需要服用消炎藥。口腔黏膜局灶性的壞死導致患者出現口腔潰瘍，口腔潰瘍的形成與局灶性的免疫異常有關，即與遺傳因素有關，但與感染無關。而且口腔潰瘍大部分下也不會出現繼發感染，因為潰瘍形成後很快被假膜覆蓋，從而保護潰瘍表面不受細菌感染。

臨床上通常選擇在局部使用抑菌藥物或消炎、止疼的藥物促進潰瘍癒合，局部可能使用金黴素或含有金黴素的藥膏，以及複合的製劑。常用的為糖皮質激素類藥物，以促進潰瘍完全癒合。