孩子發生鵝口瘡，實際是發生真菌感染。如果需要用藥治療，可以使用抗真菌的藥物，比較常用的是制黴菌素，因為該藥物不經腸道吸收，局部塗抹便可。同時還可使用碳酸氫鈉，即小蘇打，可以用於清洗口腔，即使用無菌的手套，蘸取碳酸氫鈉水給孩子清洗口腔，每次喝完奶後清洗，再蘸著制黴菌素甘油進行塗抹。

鵝口瘡是急性假膜型念珠菌感染，所以真正發生鵝口瘡後，不主張自己治療。因為對於孩子，鵝口瘡屬於大病，有時鵝口瘡可以發展到咽喉、食管、肺，有一定危險，一定在醫生指導下用藥。通常發生鵝口瘡的孩子較小，比如新生兒、小嬰兒，所以一定是在婦幼醫生、口腔黏膜科醫生或兒科醫生的指導下用藥治療。