多臟器功能衰竭患者的預後與衰竭臟器有關。兩個以上臟器功能衰竭的患者死亡率＞30%，三個臟器以上的患者死亡率可達50%-70%，五個臟器以上的患者死亡率＞90%。

患者出現多臟器功能衰竭，應積極採取治療干預，阻斷序貫性臟器功能衰竭的趨勢。出現兩個臟器功能衰竭的患者，有一定搶救成功率，如能有效遏制病情進展，約1周左右患者病情可緩解，生存期較長。

出現三個臟器功能衰竭的患者，預後較難確定，最終治療效果由患者病情進展及治療反應決定。目前多臟器功能衰竭患者可採用體外生命支持系統保證重要臟器功能，挽救患者生命。