人感染高致病性的禽流感如果已經明確診斷，一定要積極入院治療，輕症的患者預後比較良好。如果是H5N1亞型的感染，重症病例就可能迅速發展，常常有重症肺炎、呼吸道窘迫、肺出血、胸腔積液、多臟器功能衰竭、敗血症、休克等併發症出現，所以如果是重症病例，一定要住院治療，而且在發病的48小時內應該積極使用抗病毒的藥物，首選的是金剛烷胺或者奧司他韋。

在重症患者的治療上，處理的要點是一定要注意給予營養支持，並且加強血氧監測和呼吸支持，一定要防治繼發細菌感染，防治其他的併發症，短期內可應用腎上腺皮質激素，可以改善毒血癥狀以及呼吸窘迫。