手腕部腱鞘囊腫治療，目前以手術治療為最佳方案，因囊腫從深層發出，尚無其他方法解決該問題，無法根治該病。手術包括開放性手術、關節鏡手術。

若患者囊腫較大，且通過保守治療反覆發作者，需手術治療，或部分患者囊腫較大嚴重影響局部關節外形及功能，出現酸、脹、痛等不適感後，需儘快手術處理。如早期未引起重視進行處理，囊腫越大則損傷更大。