肺結核的治癒一般不是指生物學上治癒，更多是指臨床治癒，故肺結核有一定的複發率。因肺結核患者經過治療後可達到臨床治癒，但結核桿菌可在鈣化灶裡存活，特別是肺的鈣化灶，機體免疫力低下時，在鈣化灶甚至是在結節裡存活的結核桿菌會再次複製、繁殖，導致肺結核復發。

引起肺結核復發的常見原因是激素的使用，或合併HIV感染，導致免疫力低下。另外，腫瘤患者尤其是經過放化療治療的患者，抵抗力、免疫力均明顯下降，易導致結核復發。此外，引起結核復發的一個重要原因是結核菌耐藥，若結核桿菌對一般的常用抗結核藥耐藥，治療結核的藥物不能徹底清除結核桿菌，則可因耐藥結核桿菌導致結核復發。