復治肺結核的治療療程較長，通常至少需要抗結核治療9-12個月，還要結合患者具體情況個體化選用藥物。如果患者出現耐藥，需要延長治療時間，部分患者甚至需要2年左右。

復治肺結核患者治療時間較長，經濟花費更大，使用二線抗癆藥副作用更多，對人體危害更大，從而導致較多復治肺結核患者難以完成療程，治癒率明顯低於初治肺結核患者。因此，初次診斷肺結核以後需要遵從醫囑，堅持規則治療並完成全療程，避免不規則治療和提前停藥導致肺結核復發。