細菌性心內膜炎患者要儘早、足療程的應用抗生素治療，最多見的感染細菌是草綠色鏈球菌，首選青黴素靜脈治療，對於青黴素過敏的患者可以選擇紅黴素類抗生素。細菌性心內膜炎不像其它部位感染，比如尿路感染、肺部感染等感染，尿路感染可能使用抗生素一週就可以治癒。但是細菌性心內膜炎抗生素的療程較長，大多都在四周以上。首先經驗性的應用抗生素治療，觀察療效怎麼樣，同時要通過血培養來確定病原菌，再針對性進行抗感染治療，可以減輕對心臟瓣膜的損害，保護心臟功能，防止和減少併發症發生。但是對於藥物難以治癒的病原體感染病灶，可以考慮進行外科手術治療。

其它的治療方式包括對於併發症處理，例如出現心力衰竭，需要進行抗心衰的處理。細菌性心內膜炎多見於有先天性心臟病或者後天性心臟病人群，當細菌進入人體血液之後，隨著血液周遊全身各個器官，當流到心臟的時候，因為心房心室壁光滑，不可能在此停留髮生感染，但是當瓣膜有炎症或者損傷時，細菌可以停留下來，再次生長繁殖，引起瓣膜的發炎。另外有先天性心臟病的患者，心臟有缺損，血流經過缺損部位容易停留引起炎症，所以在治療的時候，要足療程的應用抗生素才能徹底治癒。