目前發現先天性心臟病有較明顯的遺傳傾向，較多心臟病與單基因或多基因遺傳性疾病有一定的相關性。在妊娠期間，若母體有病毒感染或宮內缺氧，或服用致畸形藥物，或飲酒吸菸，均有可能導致胎兒心血管畸形。

臨床發現，若母體患有狼瘡或是糖尿病，與嬰兒先天性心臟病的發生亦有一定的相關性。所以，對於有先天性心臟病病史的直系親屬，建議進行心臟彩超等心血管病的檢查，確認是否合併有先天性心臟病。