單心房手術與單心室手術不同，單心房手術相對較為簡單，通常無需特殊處理，患者術後預後效果良好。

單心室屬嚴重複雜的心內畸形，此類患者常合併右室雙出口、大動脈轉位、其它嚴重複雜心內畸形。臨床主要採用Fontan類手術進行治療，此類手術可導致單心室解剖結構無法得以代償，造成體循環及肺循環均由一個心室承擔，長此以往可出現心衰表現。患者術後10年存活率可達至80%，20年存活率可達至40%左右。此外患者術後可引發大量腹水及肝硬化，晚期可能需進行心臟移植。