垂體性甲減，也叫中樞性甲減，它和原發性甲減一樣，需要口服左甲狀腺素鈉片治療。垂體性甲減治療的目標，是將血液當中甲狀腺激素（FT4）水平恢復到正常範圍內，而血液中促甲狀腺激素（TSH）水平不一定恢復到正常。一般早晨空腹服藥，起始的劑量和達到完全替代劑量的需要時間，要根據年齡、體重和心臟狀態決定。

小於50歲，既往無心臟病史患者，可以儘快達到完全替代劑量；50歲以上患者服用左甲狀腺素鈉片之前，要常規檢查心臟狀態。一般從25-50ug/d開始，每1-2周增加25ug，直到達到治療目標。補充甲狀腺激素的時候，一般需要4-6周複查1次甲狀激素水平。根據甲狀腺激素水平檢查的結果，調整左甲狀腺素鈉片的劑量，直到達到治療的目標。達到治療目標後，需要每半年到1年複查1次激素水平。