橋本病不一定會發展為甲減，抗體升高階段尚沒有針對病因的治療措施，只是要限制碘的攝入量，會有助於阻止甲狀腺自身免疫破壞的進展。近年研究發現，硒酵母片對於抗體的改善可能會有一定的作用，但是服藥時間不宜過長，也只是起到輔助的作用。

關鍵還是要控制碘的攝入量，定期檢查甲功五項，發現亞臨床甲減或甲減，及時應用甲狀腺片進行替代治療，每4-6周要檢查甲狀腺激素水平，調整藥物的用量，出現甲狀腺腫大明顯伴疼痛或者壓迫症狀時，可考慮給予糖皮質激素治療，藥物治療如果不能緩解則應考慮手術治療。