甲狀腺功能減退時，補硒治療的目的主要是針對引起甲減的某些疾病進行治療，預防這些疾病的加重或發展，而並不是為了治療甲減。

在甲減時很多時候補硒治療是針對甲狀腺功能減退時的病因，特別是對自身免疫性甲狀腺炎抗體升高、甲狀腺過氧化物酶升高時的一種治療。部分研究發現，通過補硒治療能夠減輕抗體的程度，預防甲狀腺炎的進一步發展，包括產後甲狀腺炎的發生幾率，也可以有一定降低。同時在補硒治療後，這些甲狀腺炎的超聲改變會有一定向好的方向發展，所以在這些能夠引起甲減的疾病時，補硒治療認為可能有效，但在甲減時補硒並沒有改善甲減的直接作用。