內分泌失調導致的月經不調應對因治療，解決病因，才能達到治療月經不調的目的。應查明是由哪個內分泌器官造成的月經不調，再根據具體情況合理治療。

如由甲狀腺激素、垂體分泌的泌乳素異常引起，可通過藥物的方式治療，如因腎上腺產生的雄激素甚至腎上腺性腫瘤引起，可通過藥物或手術方式治療。如為單純卵巢功能的雌孕性激素異常，可適當補充雌、孕激素。