腸道菌群紊亂的患者，需要服用的藥物與病因、菌群紊亂的程度等多種因素有關，不可一概而論。對於症狀較輕的患者，服用益生菌、乳酸乳桿菌等活菌製劑，就可以起到很好的治療效果。但部分病情較重的患者，除了需要口服藥物以外，還需注射藥物進行治療：

1、Ⅰ度菌群失調：在細菌定量檢查上發現菌群組成有變化，患者無或僅有輕微表現，一般無需過於擔心。可通過飲食調理、規律作息、身體鍛鍊等方式，重建腸道菌群平衡，菌群紊亂現象也可自然恢復；

2、Ⅱ度菌群失調：多由慢性腸炎、慢性痢疾等疾病導致，會出現慢性腹瀉、腹痛等症狀，通常不能自愈，需要儘早接受治療，在醫生的指導下應用嗜酸乳桿菌、保加利亞乳桿菌、乳酸乳桿菌等活菌製劑；

3、Ⅲ度菌群失調：由於藥物以及疾病等因素引起，包括患者長期大量應用抗生素、免疫抑制劑、細胞毒性藥物等，或者是本身患有糖尿病、惡性腫瘤、肝硬化等疾病。患者的病情急且重，甚至出現休克症狀，建議患者到醫院就診，通過肌內注射丙種球蛋白來提高免疫功能，適當的服用一些雙歧桿菌、分叉乳桿菌等藥物，另外，還可應用菌群促進劑乳糖扶植大腸埃希菌、葉酸扶植腸球菌等來調整腸道菌群。