心臟黏液瘤手術本身並不大，手術較簡單但性質較差，與搭橋手術、換瓣手術、先心病手術不同，不涉及良惡性事件。心臟黏液瘤即使是良性腫瘤，也屬於長在心臟內的腫瘤，具有復發與切除不乾淨的可能性。心臟黏液瘤手術與瓣膜手術、機械瓣膜成形置換手術、搭橋手術相比屬於小型手術，而如果患者涉及到對心臟動刀，進行切口，此時則不屬於小型手術。但患者無需過於擔心，配合醫生即可。

多數黏液瘤有蒂，並且處於左心房，可以與房間隔相連，手術時需要切掉腫瘤和部分房間隔，即黏液瘤切除術。此時手術需要全麻、體外循環、在心臟停跳的條件下進行，從而將黏液瘤完整切除。另外，切除的黏液瘤還要送病理科進行病理分析，區別良、惡性。若房間隔切除較多，可以用滌綸布或心包進行修補。通常患者術後恢復較快，術後7天即可出院，1個月後進行復查，若未復發則每年複查1次即可。