絕大多數肥厚型梗阻性心肌病的早發症狀是由於心肌梗阻導致，即梗阻導致心臟泵血受阻，引起主動脈供血不夠，表現為病人容易頭暈、暈厥，是非常重要的徵兆。病人突然暈倒是非常嚴重、比較常見的一種症狀，也是導致病人發生危險的很重要的因素。

有些病人由於主動脈供血不夠，也可以引起心臟的問題。心肌肥厚、冠脈供血不夠的情況下，可以引起心絞痛，甚至出現猝死的情況。