三叉神經痛的發病機理目前尚未清除，一般將三叉神經痛分為原發性和繼發性兩類，具體如下：

1、原發性三叉神經痛：即未找到明確原因，可能與三叉神經周圍血管刺激有密切關係，動脈、靜脈的微小的毛細血管團塊刺激三叉神經，導致三叉神經異樣放電，出現三叉神經的撕裂樣、刀割樣、閃電樣的疼痛，進行三叉神經的微血管減壓術，梳理三叉神經周圍可能引起疼痛的毛細血管團塊，90%的患者能夠得到緩解，從而也證實了這種假說有理論根據；

2、繼發性三叉神經痛：多數患者由三叉神經周圍的腫瘤以及炎症、外傷引起，一般能夠找到明確的原因。繼發性三叉神經痛存在誘發因素，如牙科手術或精神壓力引起，如生氣、焦慮、抑鬱以及興奮，這些不良的神經刺激可誘發三叉神經痛，所以避免誘發因素是控制三叉神經復發的重要手段。