原發性三叉神經痛的病因為血管壓迫神經，因此血管減壓手術為目前主要且為首選的治療方法，手術微創，恢復較快，效果也較好，比較適合年輕人、藥物治療不佳的患者，對於老年患者一般75歲以上會使手術風險增加，尤其是患者有心血管方面的基礎疾病，可能不太適合全麻手術，可以採取其它方法，如三叉神經半月節毀損術或酒精、甘油注射毀損，還有放射外科γ刀、射波刀毀損三叉神經根部，均可治療三叉神經痛。因為是破壞性手術，手術後立竿見影，但一般都有面部麻木或後遺症，當神經逐漸恢復時，可能疼痛又發作，所以一年以內很容易復發。

其它的方式還有球囊壓迫、封閉治療、感覺根切斷等。早期手術效果較好，但複發率逐年增加，老年患者不能耐受全麻減壓手術時或減壓手術術後又復發，可以採取毀損手術。因為是毀損，主要併發症是面部感覺喪失或有些麻木，也有些患者可能出現角膜乾澀或角膜潰瘍。因此最終的手術方法要根據患者年齡、病情、患者對手術效果的要求來綜合考慮，不能千篇一律都採取一種手術方法。