三叉神經痛90%左右的原因，是顱內血管搭到三叉神經上。另外10%左右的原因是三叉神經根部生長腫瘤、囊腫，刺激三叉神經根部，造成支配的區域疼痛。

三叉神經指支配面部感覺的神經分三個叉，包括下頜支、上頜支、眼支。牙疼指上頜支和下頜支支配牙的末梢神經疼痛，末梢出現問題造成刺激神經。三叉神經根部出現問題，導致疼痛，稱為三叉神經痛。