三叉神經痛在臨床一般無特殊的檢查方法確診，引起三叉神經痛的原因較多，包括繼發性因素和原發性因素。原發性因素不易明確，一般可能和血管扭曲壓迫到三叉神經根部或神經炎症刺激有關。繼發性因素常見於顱底或腦幹腫瘤、轉移瘤、腦梗死、多發性硬化等，此類疾病影響到三叉神經以後，會出現三叉神經疼痛的表現。

臨床三叉神經痛診斷主要依據病史採集，如果患者疼痛部位符合三叉神經分佈區域，疼痛特點為短暫性、陣發性、刀割樣銳痛，可以診斷為三叉神經痛。根據病史特點會安排患者進行顱腦核磁、三叉神經磁共振檢查，明確有無引起三叉神經痛的病因，例如血管壓迫、腫瘤、梗死等。如果發現存在病因，根據病因進行干預治療。