癲癇小發作是臨床上比較常見的一類癲癇發作，理論上最常用的首選藥物是乙琥胺類藥物。另外，根據其具體情況，以及病因進行分析，還可以選擇其它類藥物，如卡馬西平、丙戊酸鈉等，還需要觀察患者的臨床症狀，並結合腦電圖、神經影像學檢查等方法，進行綜合判斷。

對於能找到明確病因的癲癇小發作，有時可以採取針對病因的治療，如通過神經外科手術的方式，切除引起癲癇小發作的腦部腫瘤，其症狀能夠得到有效控制，也能夠有效避免由於腫瘤所造成的其它神經功能障礙，在腫瘤切除後的短時間內，有時還需要暫時性的輔助抗癲癇藥物治療，才能有效控制癲癇小發作。