早上起床後口苦、口臭、唾液混濁發黃，首先應該考慮與口腔衛生不良有關，患者長期吸菸、不刷牙、多食肥甘厚味之品，導致口腔內異味及細菌滋生。建議注意口腔衛生，及時進行刷牙，即可緩解症狀。此外胃食管反流、膽囊炎等多種原因也可導致上述症狀，具體情況需要就醫明確診斷，下面講一些常見的可能原因。

1、胃食管反流：是一種由胃十二指腸內容物反流入食管引起不適症狀和併發症的疾病，典型症狀為反流和燒心，當反流發生時可伴有口苦、口臭等症狀。患者可使用抗酸藥和促胃動力藥進行治療，比如奧美拉唑、多潘立酮、莫沙必利等；

2、膽囊炎：膽囊炎屬於膽囊結石的併發症，可表現為腹部不適，飽脹、噯氣、呃逆等，當出現嘔吐時，可表現為口苦、口臭、唾液混濁發黃等。建議出現症狀後，及時進行腹部超聲檢查，以明確診斷。

此外，中醫認為肝膽溼熱也可造成口腔出現上述表現。典型症狀為口苦、口腔異味、食慾不佳、便秘等。建議可服用一些清熱利溼、疏肝利膽的中藥，比如龍膽草、黃芩、木通、當歸等。具體用量以及藥物配伍還需要中醫醫生診治後，才能明確。