長期腹瀉首先要通過腸鏡排除或通過實驗室化驗排除腸道持續性改變，如果無持續性改變，單純胃腸功能紊亂引起慢性腹瀉，這種患者首先避免進食辛辣、油炸或刺激性食物，減少腸道易激惹。

臨床採用針灸治療慢性腹瀉，效果較好。一般選用手陽明大腸經穴位，除手陽明大腸經穴位還可以選大腸特定穴位，如大腸原穴合谷，大腸下合穴下巨虛，大腸背部背俞穴、大腸俞及大腸募穴天樞，通過刺激穴位達到調節胃腸、止瀉作用。臨床治療效果較好，無任何副作用。