1、血常規：可發現白蛋白水平下降，白細胞、血尿素氮、肌酐、血清轉鐵蛋白水平升高，糞便菌群失調及糞便白細胞等。

2、影像學檢查：腹部X線片可見麻痺性腸梗阻及“拇指紋”症，CT顯示艱難梭菌腹瀉患者的結腸壁增厚。

3、組織病理學檢查：可見結腸特徵性改變。即散在黃色或白色橢圓形斑塊，邊界清楚，與黏膜粘連牢固，沖洗不易脫落。斑塊中央出現點狀灰白色或棕褐色偽膜，周圍常繞以紅暈。病灶間黏膜常無明顯炎症，重者可融合成片甚至成管型。

4、病原學檢查：如糞便常規、糞便培養，肉眼觀察糞便的外形、量、稠度及有無食物殘渣、黏液、膿血等。不同細菌感染後糞便可呈稀水樣便、洗肉水樣便、膿血便、血便、黏液便等性狀，確診有賴於糞便病原菌的分離培養。