由於鹽酸氨基葡萄糖膠囊含有氯離子，氯離子對於消化道有一定的刺激，長期的服用可以導致胃腸道的不適，甚至有腹瀉的發生，還可以出現肝功的損傷。所以在服用這種藥物時，要注意觀察自己的消化道症狀以及複查肝功。如果出現腹瀉，要立即停止這種藥物的口服，同時要口服治療腹瀉的藥物，比如思密達以及奧美拉唑。同時要注意清淡飲食，避免胃部著涼，因為這樣可以加重腹瀉。

在腹瀉治療痊癒之後，可以換用硫酸氨基葡萄糖膠囊來進行口服，這樣也可以起到治療骨性關節炎，營養軟骨的作用。硫酸氨基葡萄膠囊不含有氯離子，它對於胃腸道沒有刺激，所以可以安全的口服。