運動神經元病屬於神經系統變性病，病情是逐漸進展加重的。目前運動神經元病的預後與疾病的類型和發病年齡有關，以肌萎縮側索硬化的預後最差。根據最新的文獻報道，有一種肌萎縮側索硬化的良性變異類型預後較好，這種表現主要是雙上肢近端的肌肉無力以及肌肉萎縮，而雙下肢延髓受累較輕。國內外的報道均是以男性患者為主，男女發病比例為5:2，1998年將這種疾病命名為連枷臂綜合徵。這類的患者預後較良好，平日要防止跌倒、避免上肢外傷等。大部分的運動神經元病病情是逐漸進展加重的，會累及四肢出現四肢軟癱、頸部肌肉無力、抬頭困難、病人生活不能自理、後期吞嚥困難、呼吸肌麻痺、呼吸衰竭，容易合併營養障礙、肺炎、壓瘡、下肢靜脈血栓等併發症。

針對以上併發症，比如對癱瘓肢體要加強康復訓練，藉助一定的工具改善生活自理情況，對吞嚥困難的患者要及早鼻飼飲食，對呼吸困難要及時給予輔助通氣措施，均可以減少併發症、延長生存期。生存期根據疾病發展的快慢，以及併發症的情況不同而不同，短則數月，長者可以達到十幾年，平均27-52個月。