運動神經元病是世界上一個比較難治的疾病，治療方法研究了幾十年，但是最新的治療方法並不是太多。從目前來看出現比較晚的治療，如經顱磁刺激，是一種神經調控的方法，主要是用磁場作用在大腦皮層上，改善腦細胞生長，改善神經細胞生長因子，從而來達到改善患者症狀的目的。但是這種治療不能從根本上治癒運動神經元病，只能延緩症狀，改善症狀。疾病的整個病程要不斷地進行發展，只是發展變慢了，或者停滯一段時間。從藥物角度來講，更新的治療其實沒有，基本上也是停留在過去的藥物，如利魯唑，商品名叫力如太，還有日本有一種藥物，他們叫依達拉奉輸液治療。另外運動神經元病有醫院在嘗試新的療法，但是都是個體化的小單位進行研究，不具有普遍性。如部分在用青黴素，部分在用頭孢類抗生素治療，但是都沒有臨床推廣意義。