心源性腦栓塞，因為每個病人梗塞的面積不一樣，栓子來源、大小不同，所以病情的輕重差別非常大，需要神經科的醫生根據病情情況採取綜合治療，不存在單一的效果最佳的首選藥物。在心源性腦栓塞的超急性期，即發病後六小時，應該儘快使用溶栓藥物，如臨床上目前常用的阿替普酶、尿激酶，神經科醫生會根據病情選擇合適的溶栓治療，爭取儘快溶解血栓。對於比較大的血栓，藥物難以溶開時，儘快進行神經介入手術機械取栓，把栓子取出來，血管就通了。溶栓或取栓後，在急性期根據情況給予抗血小板聚集藥，如阿司匹林、氯吡格雷，抗凝藥如華法林、利伐沙班，還有神經保護劑，改善循環的中成藥也有一部分作用。