小腦萎縮從早期到晚期的發展過程中，早期若給予藥物干預及功能鍛鍊，晚期時給予良好護理，整個過程可以持續20-30年。但發展至晚期後藥物效果會減退、症狀加重，患者可能出現吞嚥困難、飲水嗆咳、進行性智能下降，表現為記憶力、計算能力、言語能力的明顯衰退，不能與人溝通，不能表達意思，所以在晚期時易出現併發症。

較常見的併發症為容易出現吞嚥困難、飲水嗆咳，出現誤吸而導致窒息，甚至出現肺部感染、尿路感染、褥瘡等，易引起死亡。晚期發生上述症狀表現通常在2-3年內可能會致命，往往是因併發症引起嚴重後果。嚴重併發症還可表現為深靜脈血栓形成、肺動脈栓塞，此種情況通常預後均較差，易引起生命危險，最後可能致命。晚期小腦萎縮患者，需做好護理，避免發生意外。