小腦萎縮要根據原因進行治療，目前遺傳性小腦共濟失調小腦萎縮最多見。其目前暫無特異性的根治方法，但是也有藥物或者康復治療方法，在臨床上得到應用，具體分析如下：

1、藥物治療：可以常規用維生素類藥物，像維生素B1、維生素B12等，也可以用改善線粒體功能的藥物，比如艾地苯醌或者是擴血管藥物，比如尼麥角林等。目前發現有的藥物，比如抗焦慮的藥物，如丁螺環酮等，在一定程度上也可以緩解、改善共濟失調症狀。另外，丙戊酸鈉等抗癲癇藥物，有動物試驗或臨床試驗也證明，可以適當改善患者小腦萎縮帶來的臨床表現；

2、康復治療：如經顱磁刺激等，也可以對臨床有一定改善。

目前有處在臨床試驗階段的機能治療或者是幹細胞的移植等，尚處在臨床試驗階段，是否有效，也有待於將來更多醫學機構或者實驗室研究，證明藥物臨床療效。所以對於小腦萎縮，目前是通過藥物的治療或者是結合康復治療減緩臨床症狀，但是無法徹底根治。