侷限性腦萎縮需要治療，包括狹義治療和廣義治療。狹義治療主要針對病因進行治療，若由大腦缺血、缺氧引起的侷限性腦萎縮，需要給予活血藥物，改善血液循環以改善侷限性的腦萎縮。若為炎症引起，可給予針對炎症的治療，還有部分患者可能為後遺症、外傷性或腫瘤性的原因，也要針對病因進行治療。

廣義治療包括病因治療以後的大腦功能障礙，或引起相應區域的病變出現的症狀來進行治療。可以使用營養神經藥物，主要有神經節苷脂、促神經生長因子、腦蛋白水解物等，均可有效改善大腦的萎縮症狀。另外可以給予康復治療，特別是大腦損傷半年以內，給予積極的康復鍛鍊能有效改善大腦功能，主要是通過形成新的大腦神經環路改善症狀。80%-90%的患者可通過功能鍛鍊，加強營養神經的藥物，以及積極的病因治療使症狀得到改善。