青少年腦萎縮原因一般包括先天性、繼發性和遺傳性因素，先天性腦萎縮與生俱來，一出生即發育異常。遺傳性是遺傳於祖先，最多見的是脊髓小腦性共濟失調。繼發性因素較多，包括以下幾種原因：

1、炎症：青少年發生腦炎以後會遺留腦組織萎縮；

2、血管病：青少年血管病很少見，多源於先天性或者遺傳性血管異常，導致局部缺血或者出血，引起腦組織壞死，出現腦組織萎縮；

3、外傷：最多見於外傷導致出血；

4、產傷：小孩生產過程當中造成產傷引起腦出血，也可以引起腦細胞壞死、腦體積縮小，產生腦萎縮，在生產過程中缺血、缺氧也可以引起腦體積萎縮；

5、中毒。