骨髓移植與器官的移植實際不完全一致，常規所說的骨髓移植，實際是採集供應者骨髓，或供者造血幹細胞。而器官移植主要是採集供應者實質性器官，比如肺、心臟、肝臟，採集物與骨髓移植不完全相同。所以嚴格意義上，骨髓移植大方向也可以叫做器官移植，但是與實質性器官移植又有很大區別。因為器官移植進入體內之後，主要是宿主排異移植進來的器官，而骨髓移植恰相反，主要是移植物抗宿主。但是對於減輕移植抗排異的作用，二者所用的藥物部分一致，都採用免疫抑制劑治療。

所以骨髓移植與器官移植不能完全等同，骨髓移植可能相對而言比器官移植更重。移植之前所採用的處理方式與器官移植也不完全相同，骨髓移植的危險程度與風險性也大於器官移植。所以骨髓移植與器官移植還是兩個不完全相同的治療手段，治療疾病也不完全相同，所以二者之間不能夠相互的等同起來。