目前骨髓移植是治療某些血液系統疾病的一種比較重要的方法，但是不同的疾病做骨髓移植治療之後，生存率也是不同的。對於急性髓系白血病的患者，做骨髓移植之後，5年生存率可以達到50%-60%。

對於急性淋巴細胞白血病，骨髓移植後5年生存率可以達到50%左右。對於再生障礙性貧血的患者，如果患者的年齡小於40歲，是重型再障或者極重型再障，而且有合適的HLA相合的同胞供者，如果做骨髓移植，移植之後80%以上的患者可以長期生存，

有報道稱，再障患者骨髓移植之後8年的無病生存率可以達到90%。雖然有的患者骨髓移植之後可以生存很長時間，但是有一部分患者移植之後會復發，多發生在移植後的3年之內，復發之後治療就比較困難，預後也比較差。