腦起搏器不能治療小腦萎縮。小腦萎縮表現症狀主要是患者行動功能障礙，比如走路不穩、容易摔倒，而腦起搏器目前在臨床主要用於治療帕金森病及一些精神類疾病。

在探索精神類疾病過程中，較成熟的是治療帕金森病，有明確的臨床試驗效果。帕金森病患者亦表現為行走不穩，即運動功能障礙，但帕金森病的病變基礎在大腦的腹後外側核上，小腦萎縮會造成齒狀核病變，兩者病變在不同的生理解剖上，所以腦起搏器不能治療小腦萎縮。