流腦又稱流行性腦脊髓膜炎，乙腦又稱乙型腦炎，二者主要的鑑別特點如下：

1、病原不同：流腦是由於腦膜炎奈瑟菌引起的細菌化膿性腦炎，而乙腦是由於乙型腦炎病毒感染的病毒性腦炎。通過腦脊液的檢查，可以明確發現病原不同，所以治療的方向也不同，乙腦是以抗病毒為主，而流腦以抗細菌為主；

2、傳染途徑不同：流腦有一定的傳染性，通常會群體發病，即在一個地區或生活的社區附近會有多人發病。而乙腦是蟲媒性腦炎，一般不具有人傳人的特點，通常以蟲媒傳播，在夏季容易發病；

3、檢查特點不同：流腦主要引起腦膿腫以及腦膜的肥厚和強化，腦脊液呈現出米湯樣化膿的表現。而乙腦主要累及腦部的深部核團，丘腦會出現對稱性病灶，而腦脊液沒有明顯的渾濁，蛋白水平以及細胞數量並不高。