乙腦後遺症與病情輕重程度有關，大部分輕度乙腦患者預後較好，腦損傷較嚴重的患者治癒後，會出現嚴重併發症，最常見為偏癱，即失語；嚴重患者出現神經系統功能障礙，如尿瀦留或其他併發症。部分輕度後遺症患者，3個月內可逐漸恢復，但10%患者後遺症將形成永久性併發症，出現終生殘疾。乙腦又稱為大腦炎，大腦炎後遺症會出現嚴重的痴呆、終身癱瘓等。