尿毒症相當於慢性腎臟病的終末期，也就是慢性腎臟病5期，這個時期的治療首選腎臟移植治療。如果經濟條件允許，有合適的腎源，首選腎臟移植治療。腎移植術後患者的生存的質量比較高，幾乎和正常人一樣。腎移植術後移植腎出現問題，多少年以後又出現腎功能衰竭，這個時候再進入腎臟替代治療，整體的壽命也會延長很多。

如果不能做腎移植，治療就是選擇替代治療，可以選擇腹膜透析或者是血液透析治療。血液透析需要每週做三次，每次大約四個小時左右，需要在醫院做。腹膜透析需要每天做3-4次，可以在家裡面自己做。

另外其他方面的治療就是併發症的防治，腎性貧血的患者需要服用多糖鐵複合物補充鐵劑，需要皮下注射促紅細胞生成素來治療貧血。如果合併甲狀旁腺功能亢進、礦物質代謝紊亂（低鈣、高磷）需要服用醋酸鈣、阿法骨化醇等藥物來防治併發症。