腦部的神經痛，可分為三叉神經痛、枕大神經痛，以及舌咽神經痛。主要導致疼痛的原因如下：

一、三叉神經痛：

1、原發性神經痛：主要是因慢性的脫髓鞘改變，導致神經之間短路所造成。通常基於原發疾病較為輕微，而導致引起疼痛發生的原因被忽略，進而造成無法找出導致疼痛的具體病因；

2、繼發性神經痛：通常病因較為明確，如三叉區域的帶狀皰疹、三叉神經根在橋腦小腦角的腫瘤，或內部存在血管，以及神經纖維之間的短路等；

二、枕大神經痛

1、病毒感染：導致枕大神經痛常見的原因主要也為帶狀皰疹，以及單純皰疹。當枕大神經出現病變後，可導致神經纖維之間的脫髓鞘改變，並引起神經水腫，進而引起發作性的神經痛，一般經過治療後好轉；

2、顱內病變：如顱內高壓，或者腦膜病變，也會影響到枕神經，造成發作性的枕神經痛。

三、舌咽神經痛

通常較為少見，主要發生於咽喉部，而並非臉部或枕部。舌咽神經痛也可分為原發性和繼發性疼痛。原發性疼痛也可因病毒感染引起，部分患者可因腦幹病變而導致。此外，若其他的周圍組織、神經和血管壓迫舌咽神經，或導致神經短路，也可引發疼痛。