腦內出血後遺症主要為出血後引起神經功能損傷，腦出血和部位有很大相關性，是小腦出血、丘腦出血還是基底節出血，這些出血部位決定神經功能表現，可能出現偏身感覺障礙、偏癱或者偏盲，或者高級功能認知障礙。對於這些功能的恢復，或多或少會留下後遺症。

對於腦出血急性期，出血量較大，需要進行去骨瓣減壓，對於神經功能缺損症狀，在去除腦組織時可能會遺留很重的後遺症問題，可能會引起植物生存狀態、意識障礙。長期臥床需要長期護理，避免褥瘡，甚至深靜脈血栓、肺部感染等併發症。對於意識清楚的患者，也有可能引起偏癱、活動不利，需要進行後期康復鍛鍊，進行功能恢復。