左基底節腔隙性腦梗死是腦梗的一種，所以應按照腦梗進行規範治療。如果急性期有偏癱、語言笨拙、吞嚥障礙等症狀，首先按急性期給予阿司匹林，甚至聯合抗血小板藥物氯吡格雷同時應用，穩定斑塊。血管中的斑塊，可能需服用他汀類物質，同時尋找病因。腔隙性腦梗死多數與血壓、血糖、血脂異常有關，如果發現血壓高，要應用降血壓藥物，將血壓控制在140/90mmHg以下，如果發現血糖異常，應用藥物同時結合飲食和運動，將血糖控制到空腹7mmol/L以下。

急性期後，依然需長期治療，血壓、血脂等異常需長期用藥和監控。另外生活方式改善，比如戒菸限酒，適當體育運動，對於腦梗治療非常重要。如果患者有肢體偏癱等症狀，長期針對肢體功能障礙進行康復也是必不可少。