免疫系統疾病有很多，主要包括自身免疫病和免疫缺陷病。自身免疫病是因為遺傳因素和環境因素等，誘發自身免疫耐受狀態被打破，或細胞調節異常的臨床病症。免疫缺陷病是由遺傳因素或其他因素等原因，造成的免疫系統先天發育障礙或後天損傷所致的綜合徵。

1、自身免疫病：自身免疫性溶血性貧血、自身免疫性血小板減少性紫癜、肺出血-腎炎綜合徵、風溼熱、瀰漫性甲狀腺腫、重症肌無力、潰瘍性結腸炎、尋常型天皰瘡、惡性貧血、強直性脊柱炎、冷球蛋白血癥、類風溼關節炎、系統性紅斑狼瘡、多發性硬化、橋本甲狀腺炎等；

2、免疫缺陷病：分為原發性免疫缺陷病和獲得性免疫缺陷病，原發性免疫缺陷病有T細胞缺陷、B細胞正常的重症聯合免疫缺陷病、X連鎖無丙種球蛋白血癥、普通變異型免疫缺陷病、X連鎖慢性肉芽腫病、遺傳性血管神經水腫、陣發性夜間血紅蛋白尿等。獲得性免疫缺陷病是因感染、腫瘤、理化等因素導致的暫時或永久性的免疫功能受損，臨床常見獲得性免疫缺陷綜合徵，也就是艾滋病。